موسسه نی قلعه برنامه های ارتقای ظرفیت خویش را با تایید و تصویب دولت آغاز نموده است. این برنامه ها خارج از زمان بندی و برنامه های منظم درسی دولتی صورت می گیرد. برنامه های ارتقای ظرفیت معمولاً در جریان زمستان برگزار می گردد و هدف این برنامه ها، ارتقا و بهبود سطح آموزش شاگردان بواسطه راه اندازی صنف ویژه و مخصوص برای تقویت یادگیری مضامین ریاضیات، کیمیا و فزیک می باشد.
عدم موجودیت معلمین مسلکی یکی از دلایل وعوامل کیفییت پایین آموزش در منطاق روستایی و دورافتاده می باشد، که این موضوع همواره برای وزارت معارف یک چالش عمده محسوب می گردد. به همین دلیل اکثریت شاگردان ذکور برای اینکه بتوانند سطح یادگیری و آموزش شان را درمضامین مشکل تقویت نمایند، در جریان رخصتی های زمستانی به شهرها می روند و درآنجا در کورس های ویژه خصوصی با معلمین خصوصی اشتراک می نمایند. درحالیکه دختران هیچگاه فرصت ندارند که در این نوع کورس ها اشتراک نمایند، که این چالش بزرگ به حساب می آید.
موسسه نی قلعه سه تن از معلمین واجد شرایط و مسلکی را استخدام نمود. این معلمین دارای مشخصات و پس زمینه های خاصی برخورداربودند، و با راه اندازی صنف های ویژه تقویتی دربخش های مضامین مشکل و پرچالش برای شاگردان، نقش ویژه و متفاوتی را در مقایسه با معلمین دولتی ایفا نمودند. معلمین موسسه نی قلعه نیز در قسمت مشاوره دهی و تدریس با معلمین دولتی کمک و همکاری می نمودند.
علاوه برآن، این معلمین خود شان در گذشته شاگردان مکاتب موسسه نی قلعه بودند. تدریس برای اطفال مناطق خود شان، نه تنها که باعث ایجاد فرصت های شغلی شده بلکه در قسمت ارتقا و توسعه ظرفیت های محلی نیز کمک می شود.
از اوایل سال 2016 بدین طرف که موسسه نی قلعه این پروژه را تطبیق نموده است، بیش 1500 تن از شاگردان مکاتب اعمار شده توسط نی قلعه که اکثریت شان را دختران تشکیل می دهند، توانسته اند از برنامه ای ارتقای ظرفیت در جریان رخصتی های زمستان بهره مند شوند.
اگرچه، برنامه ارتقای ظرفیت موسسه نی قلعه در زمستان 2018 – 2019 خاتمه یافت و 164 تن از دختران مکتب سوختگی از این صنف های آموزشی بهره مند شدند، ولی موسسه نی قلعه همچنان مصمم است که برای بهبود کیفیت تعلیم و تربیه بواسطه فراهم ساختن حمایت های تخنیکی و پیداگوژیکی برای معلمین مکاتب در این مناطق روستایی و دورافتاده ادامه دهد.